Babasının ordu mensubu olması nedeniyle ilk ve orta öğrenimini farklı şehirlerde tamamladı. İstanbul Üniversitesi Devlet Konservatuarı Şan Bölümü’nü bitirdi. Ünlü olmadan önce bir dönem Afyonkarahisar’da Türkiye Elektrik Kurumu’nda çalıştı.

Müftüoğlu, profesyonel müzik yaşamına 1985 yılında Güneş gazetesinin açtığı müzik yarışmasında birincilik alarak başladı. Aynı yarışmada ikincilik alan Erdal Çelik ile bir ikili oluşturma kararı aldı. İkili, 1985 yılında “Sevmek Öyle Bir Şey” adlı ilk albümünü Atilla Özdemiroğlu’nun kurduğu ART adlı firmadan çıkardı. Emel Müftüoğlu, yine Erdal Çelik ile ikinci albümü olan “Alaturka Canım Benim”i 1998 yılında müzik piyasasına çıkardı. 1989 yılında Erdal Çelik’le ortak çalışmasına son vererek solo çalışmalarla yoluna devam etti. İlk solo albümü için Şahin Özer Plak’la anlaştı ve 25 Eylül 1990 tarihinde bu firmadan “Karlar Düşer” adlı albümünü çıkardı. Bu albümüyle iyi bir çıkış yakalayan sanatçı Türkiye çapında tanınmaya başladı. Albümde yer alan şarkılardan “Hangimiz” dışındakilerin tamamı Yunan şarkılarına Türkçe söz yazılarak yapıldı.

“Faka Bastın” albümünü 5 Eylül 1992 tarihinde piyasaya süren sanatçı, bu albümüyle başarı çıtasını daha da yükseklere çıkarttı, büyük satış rakamları elde etti. Bilboard’u yapılan ilk albüm olarak müzik tarihine geçen bu albümdeki aynı adlı şarkının klibini Sinan Çetin yönetti. 12 Mayıs 1994 tarihinde “Emelce” adlı üçüncü solo albümünü müzik dünyasına sundu. Albümün fotoğrafları ve imaj çalışması Fransa’da gerçekleştirildi. Albümdeki “Korkuyorum”, “Deli Et Beni”, “Yeter” ve “Çal Beni” adlı şarkılar hit oldu ve müzik listelerinde üst sıralardaki yerini aldı. Bu albümden bir yıl sonra 20 Ocak 1995’te “Hovarda” adlı single çalışmasını piyasaya sürdü. Sezen Aksu ile çalışıp ondan iki şarkı alan sanatçı bu single’ıyla normal albümlerden daha çok satan bir single olma unvanını kazandı. Çok geçmeden Deniz Arcak ve Seray Sever’in de içinde yer aldığı klip çekimi yapıldı. Bu klip MTV Avrupa’nın ülkeler arası düzenlediği bir video klip yarışması olan “Euro Video Grand Prix”te Türkiye’nin üç adayı arasından ipi göğüsleyerek finale kalmaya hak kazandı. 16 ülke arasında yapılan yarışmada klip 51 puanla yarışmayı yedinci olarak tamamladı.

Aynı yılın Aralık ayında yapımcılığını Sezen Aksu’nun yaptığı düzenlemelerini Onno Tunç ve Murat Yeter’in gerçekleştirdiği “Ruhun Duymaz” adlı albümüyle hayranlarının karşısına çıktı. Ancak albüm beklenilen ilgiyi elde edemedi. 28 Mayıs 1998 tarihinde “Bana Özel” adlı albümüyle müzik marketlerde göründü. Sanatçı, bu albümde Nazan Öncel, Bendeniz gibi ilk defa şarkı aldığı yorumcuların şarkılarına da yer verdi. 2000 yılında “Mucize”, 2002’de “Arabesk” ve 2004’te “Çok Ayıp” adlı albümlere imza atan Emel Müftüoğlu diğer taraftan 90’lı yıllarda başladığı dizi oyunculuğu alanında da verimli örnekler verdi.

Emel Müftüoğlu ilk olarak 1991 yılında Star TV'de yayınlanan yönetmenliğini Funda Aras'ın yaptığı, senaryosunu Necef Uğurlu'nun yazdığı "Şen Dullar" adlı tv dizisinde oynadı. Bir sonraki oyunculuk denemesini ise 1995 yılında Sinan Çetin'in yazıp yönettiği "Bay E" filminde yaptı. 2003 yılında Talat Bulut ile başrolünü paylaştığı "Aşk Olsun" adlı dizide oynadı. 2004 yılının Eylül ayında Deniz Seki ile birlikte sabahları "Kadınca Çarkıfelek" programını sundu, ancak program kısa ömürlü oldu. 2005 yılında Show Tv de kısa süre yayımlandıktan sonra yayından kalkan yönetmenliğini Kartal Çidamlı ve Ersoy Güler'in yaptığı senaryosunu İnci Uluçay'ın yazdığı "Sessiz Gece" adlı dizide rol aldı.

Star TV'de yayımlanan "Son Ağa" dizisinde Tamer Karadağlı'yla başrolde yer aldı. TRT'de Ahmet Uğurlu ile birlikte "Zoraki Başkan" adlı dizinin başrolünde oynadı. Bunların dışında uzun yıllar TRT, atv ve TV8'de "Emelce", Kanal D'de "Emel Içgüdü", TGRT'de İdil Çeliker ile "Emelce Sabahlar" ve 2008 yılının yaz aylarında Şafak Sezer'le birlikte "Çifte Kavrulmuş" adlı tv programlarını yaptı. 2000 yılında korsan müzik albümlerinin piyasaya çıkmasıyla müziği kafasında bitirdiğini söyleyen sanatçı halen pop müzik sanatçılarının art direktörü olarak çalışmalarda bulunurken dizilerde de rol almayı sürdürüyor. Emel Müftüoğlu’nun Çağrı adında bir kızı vardır.